Papież Jan Paweł II zmarł w sobotę 2 kwietnia 2005 o godz. 21.37 w swoich apartamentach w Pałacu Apostolskim.
Śmierć stwierdził zgodnie z watykańską procedurą kardynał Eduardo Martinez Somalo. Z palca papieża zdjęto pierścień, co jest symbolem zakończenia jego pontyfikatu.
W Krakowie Dzwon Zygmuna oraz dzwony kościelne w Jerozolimie, Betlejem, Nazarecie, Jaffie i w innych miejscach Ziemi Świętej ogłosiły śmierć Jana Pawła II.
- Ojciec Święty zmarł w swoim pokoju - ogłosił natychmiast watykański rzecznik Joaquin Navarro-Valls. Poinformował on, że rusza procedura przewidziana przez zmarłego w Konstytucji Apostolskiej "Universi Dominici gregis” z 1996 roku o wakacie Stolicy Apostolskiej i wyborze biskupa Rzymu. Zgodnie z tą procedurą, pogrzeb papieża odbędzie się między wtorkiem a czwartkiem. Ostateczna decyzja w tej sprawie zapadnie w poniedziałek.
Włoska telewizja RAI poinformowała, powołując się na otoczenie papieskie, że Jan Paweł II do końca był przytomny. Według tego źródła, papież do końca trzymał za rękę swojego współpracownika, abpa Stanisława Dziwisza, a tuż przed śmiercią powiedział "Amen”.
Przy łożu umierającego papieża zgromadzili się jego najbliżsi polscy przyjaciele i współpracownicy - wynika z ogłoszonego po północy komunikatu rzecznika Watykanu Joaquina Navarro-Vallsa. Opisał on ostatnie chwile życia papieża. Poinformował ponadto, że najwcześniej w poniedziałek w bazylice świętego Piotra zostanie wystawiona trumna z ciałem Jana Pawła II.
W drugim, wydanym po śmierci papieża komunikacie Navarro-Valls ogłosił, że nastąpiła ona w sobotę o godzinie 21.37 w prywatnym papieskim apartamencie. "O godzinie 20.00 w pokoju Ojca Świętego pod przewodnictwem arcybiskupa Stanisława Dziwisza rozpoczęła się msza święta z okazji uroczystości Bożego Miłosierdzia. Koncelebrowali ją kardynał Marian Jaworski , arcybiskup Stanisław Ryłko i ksiądz Mieczysław Mokrzycki. W czasie mszy udzielono Janowi Pawłowi II świętego wiatyku i ponownie sakramentu chorych” - napisał watykański rzecznik w długim komunikacie. Podkreślił, że w ostatnich godzinach życia Jana Pawła II towarzyszące mu osoby cały czas się modliły, podobnie jak tysiące wiernych, zgromadzonych na Placu świętego Piotra.
Jak poinformował Navarro-Valls w chwili śmierci papieża przy jego łożu byli jego dwaj osobiści sekretarze arcybiskup Stanisław Dziwisz i ksiądz Mieczysław Mokrzycki, a także kardynał Marian Jaworski ze Lwowa, arcybiskup Stanisław Ryłko, ksiądz Tadeusz Styczeń, trzy polskie siostry sercanki wraz ze swą przełożoną siostrą Tobianą Sobódką i ekipa medyczna: osobisty lekarz papieża doktor Renato Buzzonetti wraz z dwoma lekarzami dyżurnymi i dwoma pielęgniarzami.
Dopiero po śmierci Jana Pawła II do jego pokoju weszli najwyżsi rangą hierarchowie z Kurii Rzymskiej, wśród nich kardynał stanu Angelo Sodano i Joseph Ratzinger oraz Kamerling Świętego Kościoła Rzymskiego kardynał Eduardo Martinez Somalo i arcybiskup Leonardo Sandri.