Miał 17 lat, gdy przyjechał do Lublina z Siedlec, gdzie uczył się w gimnazjum. Tu trafił do seminarium duchownego. Był październik 1883 roku.
W Lublinie mieszkało wówczas ponad 35 tysięcy osób, z czego ponad połowa to Żydzi. Była tu siedziba guberni w Królestwie Polskim, a miasto uchodziło za trzecie po Warszawie i Łodzi pod względem wielkości. Od roku działała Resursa Kupiecka, od sześciu lat istniał dworzec kolejowy i połączenie z Kowlem i Warszawą, do której podróż trwała 7 godzin. Na placu Litewskim stał okazały sobór. To tu odbywały się główne uroczystości organizowane na rozkaz władz rosyjskich z okazji koronowanego dwa lata wcześniej cara Aleksandra III. W wychodzącej wówczas „Gazecie Lubelskiej” wśród ogłoszeń można było przeczytać anons dentysty Milczanowskiego, który w gabinecie nad apteką naprzeciwko kościoła św. Ducha oferował amerykański system leczenia zębów. Stosował przy usuwaniu znieczulenie. Była to wówczas rzecz niebywała.
Lublin-Petersburg-Lublin
Młody Kłopotowski musiał być obiecującym studentem, bo jak notują biografowie po czwartym roku nauki w Lublinie został wysłany na dalsze studia do Akademii Duchownej w Petersburgu, Ukończył ją z tytułem magistra teologii. To ta sama uczelnia, na której studiował a później, którą kierował ks. Idzi Radziszewski. Późniejszy założyciel Uniwersytetu Lubelskiego (KUL) był młodszy od Kłopotowskiego o pięć lat.
Do Lublina Kłopotowski wraca w 1891 roku, 5 lipca święceń kapłańskich udzielił mu w katedrze lubelskiej bp Franciszek Jaczewski. Jeszcze tego samego lata został skierowany, jako wikariusz do parafii Nawrócenia św. Pawła. Od jesieni w seminarium duchownym zaczął prowadzić wykłady: dotyczyły one między innymi Pisma Świętego, katechetyki i teologii moralnej. Będzie wykładał w seminarium do końca pobytu w Lublinie czyli 14 lat.
Kilka miesięcy później dochodzą młodemu księdzu kolejne obowiązki, zostaje kapelanem szpitala św. Wincentego á Paulo. Wówczas były to klasztorne pomieszczenia przy ówczesnej ul. Poczętkowskiej, gdzie chorymi opiekowały się siostry miłosierdzia św. Wincentego á Paulo zwane szarytkami. To nic innego jak początek historii współczesnego nam szpitala PSK 1 z ul. Staszica.
W tym samym czasie Kłopotowski zostaje członkiem Lubelskiego Towarzystwa Dobroczynności. Kolejne lata pracy duszpasterskiej upływają mu między kościołem przy ul. Bernardyńskiej, katedrą, parafią w Biłgoraju a kościołem św. Stanisława. Czyli dominikańskim klasztorem, w którym nie było dominikanów. Był to czas, kiedy władze carskie przeprowadziły kasatę zakonu i w 1886 roku wyrzuciły ostatnich siedmiu zakonników.
